導致生化妊娠的原因主要有以下幾種：1、胚胎染色體異常：由于在精子、卵子、受精卵形成過程中可能會出現錯誤，從而導致胚胎的染色體異常。胚胎的染色體異常是出現自然流產，或者生化妊娠最常見的原因；2、內分泌問題：如甲狀腺功能、血糖、性激素異常，最主要的是黃體功能不全所導致的生化妊娠；3、免疫因素：如孕婦有免疫性疾病，或母體對胚胎出現免疫反應，也會導致生化妊娠；4、子宮局部問題：子宮內膜有病變，如子宮內膜損傷、宮腔粘連等都有可能影響到胚胎著床，從而出現生化妊娠。