高位肛瘺的內口位于外括約肌深部以上，由于位置比較高，治療起來比較棘手，稍不注意往往容易造成括約肌深部損傷，導致大便失禁，所以治療起來要相當謹慎。常用的手術如下： 1、肛瘺切開術：即從外口切到內口，然后把創面敞開，每日換藥； 2、肛瘺切除術：肛瘺切除術是把肛瘺切開以后，把管壁尤其是纖維化的管道給它清理干凈，然后慢慢換藥生長； 3、肛瘺掛線術：肛瘺掛線就是切到外括約肌深部以后，外括約肌深部掛一個橡皮筋，通過橡皮筋慢性切割作用把括約肌切斷，隨著慢慢換藥一邊切一邊生長，不會導致大便失禁； 4、肛瘺切除縫合術：失敗率往往比較高，因為肛瘺屬于污染切口，所以縫合很難完全一期愈合； 5、瘺管清創加纖維蛋白膠注射、肛瘺栓填塞術：肛瘺栓填塞術是一種生物制劑，塞入肛瘺以后慢慢生長，蛋白質跟人的組織完全融合在一起，可以減少創面愈合時間； 6、括約肌間瘺管結扎術：又稱為LIFT手術，是一種微創的治療辦法； 7、括約肌間瘺管結扎加肛瘺栓填塞術； 8、視頻輔助肛瘺治療術：也稱為VAAFT手術。