經皮腎鏡手術在泌尿系結石手術中相對創傷較大，但手術有將近20多年歷史，目前較為熟練，大部分病人恢復比較順利。盡管如此，也可能會產生一部分并發癥，具體如下： 1、出血：腎臟血管較為豐富，且腎臟內存在尿液，尿激酶會將產生的血塊溶解，即腎臟出血比其它臟器出血相對更容易發生，尤其是動脈性出血。一旦發生有時可以非常兇猛，通常需進行介入栓塞治療； 2、感染：結石梗阻后有時會發生尿路感染，甚至有些結石本身為尿路感染引起。結石手術后，無論是經皮腎鏡還是輸尿管鏡手術，對于合并感染的風險都需要引起足夠重視。通常在手術前需要先給病人抗炎3-5天，感染控制到一定程度后再進行手術。手術時間比較長，術中充血壓力比較高時需觀察病人血壓、尿量，觀察病人有無感染引起的感染性休克； 3、引起周圍臟器損傷：如果穿孔位置偏高，可能會引起胸腔胸膜損傷。如果靠近腹側，則可能會引起腸道或者肝臟、脾臟損傷，在術前需設計好穿孔位置。