經皮腎鏡手術對醫師的技術操作要求相對較高。經皮腎鏡屬于微創手術，但入路相對特殊，需要通過腎臟進行治療，腎臟屬于血供豐富的器官，術中操作不當易出血。因此，建議操作過程中嚴格按照技術要求，避開腎臟血管豐富區域，直接從腎盞穹窿部穿刺，進入腎臟建立通道。最常見手術并發癥為出血，病情相對兇險，甚至危及患者生命。其他并發癥包括感染、損傷周圍臟器等。