先天性腦囊腫通常不會隨著年齡長大，但當患者在兒童時期生長較快，相對出現頭圍變化時，腦囊腫大小也會變化。若患者成長到18歲以上則頭部發育停止，囊腫通常不會發生變化。若兒童在生長時骨頭逐漸變薄，出現非正常腦發育增大，則考慮囊腫局部積液在增加。此時需盡早進行檢查及干預，以防止對局部腦組織發育造成影響。但多數囊腫不會對腦組織發育造成影響，所以患者可放心觀察，若無特殊癥狀則無需擔心囊腫長大。