四價疫苗總體應用較安全可靠，多數女性注射四價疫苗后，并無明顯的嚴重不良反應。少數女性可能在注射的局部形成紅的硬結、出現局部壓痛，但隨時間的延長，局部皮膚表現多會明顯消失。部分女性可出現全身反應，如高熱、寒戰、全身皮疹，少部分女性可出現腹瀉、惡心、嘔吐等消化道不適反應。在極特殊條件下，部分過敏體質的女性在注射四價疫苗后，可能會引發超敏反應。所以通常情況下在注射疫苗后，需要留院觀察一段時間。在等待時間內密切關注是否發生上述不良反應。盡管絕大多數女性注射疫苗后無任何不適，但為安全起見需留院觀察。