小腸造影可檢查小腸運動功能是否異常，懷疑腸易激綜合征患者會進行小腸造影，如果顯影劑排空過快，考慮存在腸易激表現。克羅恩病或其它的炎癥胃腸病如潰瘍性結腸炎等，有時也會進行小腸造影。臨床醫生根據檢查目的不同選用不同的檢查方法，常規做胃鏡可排除胃十二指腸等上消化道出血疾病，結腸鏡可排除結直腸下消化道出血。排除后若患者仍有不明原因的消化道出血，懷疑小腸出血時也會做小腸造影。