苯妥英鈉相對比較最常見的副作用是齒齦增生，尤其是在兒童患者中的發病率比較高，所以如果長期用藥時要加強監測，還要注意加強口腔衛生，并且可以定期的按摩齒齦。如果長期服用苯妥英鈉，血藥濃度如果過高，可能出現惡心、嘔吐以及胃炎等消化道癥狀，此時可以選擇在飯后服用苯妥英鈉，有效的減少藥物對胃腸道的刺激，減少副作用的癥狀。苯妥英鈉還有神經系統的不良反應，神經系統的不良反應主要是和用藥劑量是相關，常見癥狀表現為眩暈、頭痛，嚴重時會引起如眼球震顫、共濟失調、語言不清、意識模糊等癥狀。如果在醫生的指導下合理調整劑量或停藥，癥狀大多可以消失。此外在說明書中提到苯妥英鈉的副作用，還包括肌張力不全以及震顫，還會影響造血系統的功能，出現粒細胞減少、血小板減少等罕見的不良反應，還包括再生障性貧血等。所以苯妥英鈉作為治療用藥，必須要在醫生的指導下合理使用。