臨床上一般不將肛瘺分為早期、晚期，一般可分為高位肛瘺和低位肛瘺，單純肛瘺和復雜肛瘺。早期、晚期通常為腫瘤所具有的概念。 肛瘺本身為良性疾病，肛瘺前身為肛周膿腫，即從肛周感染后逐漸形成肛周膿腫，破潰后因遷延不愈或反復破潰形成竇道，包括外口、內口及中間竇道，進而形成肛瘺。此類疾病在肛腸良性疾病內發生率較高，與飲食習慣及大便習慣和性狀均相關。