肛周膿腫與肛瘺臨床上屬于同一疾病的兩個不同時期，通常早期形成膿腫，后期若不進行治療會形成肛瘺。通常在早期局部膿腫受到感染后，會出現化膿、腫脹，此時患者不適感覺特別明顯，有時候會伴隨體溫增高，出現發熱、出汗等感染中毒癥狀。 但在膿腫自行破潰，或是人為干預將膿液放出后膿腫內張力會解除，病人不適的感覺也會消失。隨著膿腫縮小，通常可慢慢形成一條隱性管道，從而變成肛瘺。