目前治療乙肝病毒的藥物主要是抗病毒藥物，這類藥物包含了干擾素以及核苷類藥物。干擾素的不良反應較多，且病人使用后的價格昂貴，因此較少使用，主要針對急性肝炎、病毒復制率明顯升高時用于控制病毒。此外，核苷類藥物是目前使用較廣泛，其中最常見的有恩替卡韋、替諾福韋、阿德福韋和拉米夫定。但針對拉米夫定，由于耐藥率較高，現在主要使用的還是恩替卡韋和替諾福韋。抗病毒藥物需要長期使用，通常建議至少3年以上，因為停藥后病毒容易出現反跳。在使用過程中，必須監測乙肝病毒的DNA，查看病毒復制率是否被有效控制。如果控制不佳，可能需要更換藥物或增加其他抗病毒藥進行治療。同時，還要關注乙肝病毒是否引起了肝功能異常。如有肝功能異常，還需結合使用保肝藥物進行治療。