卵巢囊腫剝除術若不出現并發癥，通常對身體并無太大危害。若出現并發癥，則可能對身體造成傷害，卵巢囊腫手術可能出現相應的并發癥，如出血，出血較多時對身體存在一定的影響。在操作過程中也可能損傷到其他臟器，如出現腸管損傷、膀胱損傷，甚至尿管損傷等，均會對身體造成一定傷害，但在卵巢囊腫剝除術中出現的幾率較低。在卵巢囊腫剝除時，容易忽視卵巢本身的傷害，由于囊腫剝除后，留下的卵巢創面容易滲血。有時醫生不注意，會使用電凝的方法進行止血，但電凝對卵巢本身也會存在傷害，會使卵巢功能出現異常。