衣原體感染更為嚴重，衣原體感染常導致男性出現尿道炎，約60%的非淋菌性尿道炎是由衣原體感染引起。衣原體感染可導致尿道黏膜水腫、糜爛，出現尿道黏膜刺痛、刺癢，以及尿道口膿性分泌物，衣原體感染也易導致女性出現宮頸糜爛，宮頸分泌物增多，患者性生活后出現疼痛癥狀。女性感染衣原體后，易導致早產和流產現象，同時衣原體容易傳染給新生兒，導致新生兒發生衣原體感染，誘發畸胎。支原體感染常累及男性尿道，引起尿頻、尿急和尿道口分泌物，患者出現尿道刺痛和尿道輕度刺癢癥狀。女性發生支原體感染時，常出現以宮頸為中心的泌尿系和生殖系炎癥，有少量膿性分泌物產生，出現尿道和陰道部不適，一般癥狀較輕。