支原體和衣原體感染本質上是兩種不同病原體的感染，支原體和衣原體是兩種完全不同的微生物，介于細菌和病毒之間，細菌可能表現形式更高級、病毒更低級。兩者感染時，具體癥狀表現有區別，具體如下：1、感染部位：支原體可能對泌尿生殖系、肺等部位的感染親和力更高，而衣原體對泌尿生殖系或者眼球、臉部等感染風險更高，所以感染的部位、感染的對象不一樣；2、癥狀：支原體和衣原體感染時局部的癢、痛的程度不完全一樣。