支原體和衣原體分別引起不同疾病，肺炎支原體可引起各種呼吸道疾病，如肺炎、氣管炎呼吸道傳染病，而且有傳染性。解脲支原體和人型支原體引起更廣泛泌尿生殖道疾病，如非淋病性尿道炎，引起男性前列腺炎、睪丸炎，女性輸卵管炎，卵巢炎，引起不孕不育。肺炎衣原體可引起各種呼吸道疾病以及心血管疾病。衣原體中沙眼衣原體可引起各種沙眼和結膜炎、生殖泌尿系疾病。沙原衣原體可引起很多性傳播疾病，尤其在西方國家非淋病性性傳播疾病主要致病源，可引起很多尿道炎、輸尿管、卵巢疾病，引起輸卵管不暢導致不孕不育，導致胎兒畸形。兩種不同致病微生物明確診斷后，可根據不同疾病治療。