根除幽門螺桿菌的四聯藥物均比較安全，因為都是臨床上常用的藥物，但是會有一定副作用。絕大多數人能夠耐受，但是副作用可能在每個人身上會略有差異，主要如下所示：1、肝腎功能：可能對肝腎功能有一定程度影響，比較少見；2、過敏：部分人可能出現過敏，如對于青霉素類藥物過敏，可能出現藥疹，有明確青霉素過敏史人群，不能口服此類抗生素；3、消化道癥狀：可能部分患者出現消化道癥狀，如惡心、食欲不振。如服用喹諾酮類消炎藥，常會出現此類副作用；4、口苦：如克拉霉素類的消炎藥，在臨床上服藥后不適的感覺是口苦，可能在有些患者身上比較明顯；5、腹瀉癥狀：如鉍劑兼有殺滅幽門螺桿菌、保護胃黏膜，部分患者服用此類藥物后，大便次數多，出現類似腹瀉癥狀且大便顏色發黑。