目前認為幽門螺桿菌的感染主要與胃腸疾病有關系，是胃炎的主要病因。因為幽門螺桿菌感染后，會靠著細菌自帶的毒素，對胃黏膜造成直接傷害，同時也會影響到胃內胃酸的分泌。如果胃內胃酸分泌過高，胃酸分泌不平衡，過多的胃酸就會損害胃黏膜。所以幽門螺桿菌感染的病人，無論是否有癥狀，胃內都是有明顯的活動性炎癥。此外還有些病人，可能會得消化性潰瘍，尤其是胃十二指腸潰瘍。特別是十二指腸潰瘍的病人，幾乎100%的病人都合并有幽門螺桿菌感染。如果根除幽門螺桿菌，不僅潰瘍愈合，潰瘍復發的幾率也會大大減少。對于多數消化性潰瘍的病人，根除幽門螺桿菌以后，潰瘍就被治愈。除此以外，長期服用非甾體抗炎藥，如阿司匹林，很多人在吃阿司匹林，抗血小板治療，保護心腦血管。如果這些病人有幽門螺桿菌感染，對胃黏膜有損傷的因素加起來以后，就更容易發生胃的疾病，甚至會出現消化道出血。 此外，幽門螺桿菌長期慢性感染造成胃內炎癥，如果在胃癌高發地區，再加上飲食習慣的較差，或家庭有胃癌背景的情況下，有可能得惡性疾病，如胃癌、胃淋巴瘤等。所以幽門螺桿菌感染的危害較大，有幽門螺桿菌感染而又不存在根除治療的不利因素的情況下，應該接受根除治療。