根除幽門螺桿菌可以選用三聯療法或者四聯療法，屬于目前用的比較多的方法，也有些選擇序貫療法。以四聯療法為例，選擇兩種抗生素，一線用藥是青霉素類，有阿莫西林分散片或者阿莫西林克拉維酸鉀片。另外一種抗生素可以選擇喹諾酮類，如利復星，還可以選硝基咪唑類，即甲硝唑或者替硝唑，也可以選擇呋喃唑酮、克拉霉素等。如果青霉素過敏，除阿莫西林類，另外兩種藥物任意兩種搭配即可。第三種藥物則是膠體果膠鉍劑，第四種藥物是質子泵抑制劑。 治療一定要規范、規律用藥，而不能夠斷斷續續使用。用藥以后停藥一個月再復查呼氣試驗，不可停藥過長時間或者過早復查。因為胃里頭的幽門螺桿菌會受抗生素、質子泵抑制劑影響，所以需要停藥一個月。如果停藥過長時間，再次復查出現陽性也不能夠確定上次治療是否根除，因為人體對幽門螺桿菌沒有抗體，根除以后還可以再次被感染。