人體在感染病原體之后會在血液中?產生抗體，抵抗病原體感染。同樣感染衣原體后，也會產生特異性抗體。在感染的早期會產生IgM抗體，在中晚期會產生IgG抗體或感染恢復期，IgG抗體會持續存在。如果發現肺炎衣原體感染IgM陽性，則說明感染仍然存在且為急性狀態，需要進行治療。因此臨床上常針對肺炎衣原體感染，并檢測到IgM陽性時，會進行有針對性治療。通常治療肺炎衣原體感染通常會使用大環內酯類藥物，如紅霉素、羅紅霉素、阿奇霉素和克拉霉素等等。此外，如果對紅霉素不耐受，還可以選擇呼吸喹諾酮類藥物，如左氧氟沙星或莫西沙星等。肺炎衣原體特異性IgM抗體陽性，表明肺炎衣原體的活動性感染仍存在。