肺炎衣原體陽性多發于體質較弱病人，如兒童、老年人及體質較弱者。肺炎衣原體陽性多見于不典型肺炎，與普通肺炎不同，普通肺炎表現為咳嗽、咳痰或發熱，但衣原體肺炎表現為干咳，痰不多，但全身癥狀較明顯，比如體溫升高、全身肌肉酸痛等。 若患者確定為衣原體肺炎，需針對肺炎衣原體感染給予抗生素治療。衣原體沒有細胞壁，青霉素及頭孢等針對細胞壁的藥物沒有療效，因此建議肺炎衣原體輕癥病人不要自己在家服用頭孢或青霉素，需到醫院明確區分為哪類微生物感染進行治療。臨床可采用紅霉素、多西環素、阿奇霉素或克拉霉素進行治療，肺炎衣原體治療療程偏長，復雜者需14-21天。還可用氟喹諾酮類、左氧氟，氟喹諾酮類藥物進行治療，但患者需在18周歲以上。此外衣原體肺炎癥狀較明顯，可進行對癥治療，如咳痰服用化痰藥，發熱時服用退熱藥，若存在其他不適癥狀，需進行對癥處理。