肺炎衣原體陽性要明確是IgM陽性還是IgG陽性，如果是IgG陽性，只是說明患者既往感染過衣原體，不需要治療；如果是IgM陽性，才說明患者現在正被衣原體感染，需要治療。治療藥物與平時常用的藥物不一樣，比如青霉素和頭孢類藥物對衣原體沒有效果，建議選用大環內酯類藥物或者喹諾酮類藥物。 大環內酯類藥物包括阿奇霉素、克拉霉素、羅紅霉素，喹諾酮類藥物包括左氧氟沙星、莫西沙星，這類藥物對衣原體感染有效，但是這種抗生素有一個禁忌，小于18歲的兒童不建議使用，所以只有成年人才能使用此類藥物。此外，衣原體感染最常見的是兒童和老人，所以很多兒童感染后醫生常給予紅霉素類藥物進行治療。