患者肺炎衣原體陽性，應具體問題具體分析，因為肺炎衣原體陽性可以是抗體陽性，也可以是核酸陽性，以及培養陽性。如果是肺炎衣原體培養陽性，確定病原體方法在臨床中并不常用。如果是培養陽性，患者一定有肺炎衣原體急性感染，此時需要治療，通常應用紅霉素類藥物即大環內酯類藥物或呼吸喹諾酮類藥物。如果是肺炎衣原體核酸陽性，也是急性感染。肺炎衣原體抗體陽性也分為IgM抗體和IgG抗體。IgG抗體陽性通常指既往感染，并非急性感染，而IGM陽性通常認為有急性感染存在，與培養陽性處理方法相同， 患者應用大環內酯類藥物或呼吸喹諾酮類藥物進行治療。