甲亢合并橋本甲狀腺炎與一般的甲亢治療相同，部分患者會引起甲亢反復波動。甲亢有三種治療方法，包括藥物治療、碘-131治療和手術治療。由于甲亢患者合并橋本甲狀腺炎，部分患者服用甲亢的藥物甲狀腺功能波動比較大，會出現甲亢復發或甲減的狀況，所以需要調整治療。如果反復波動，甲狀腺功能不能維持正常，建議患者做碘-131治療去除甲亢，這樣甲亢不容易復發。但是隨著碘-131治療時間的延長，甲減的幾率會越來越高。根據促甲狀腺激素TSH的水平，某些患者在做碘-131之后出現甲減，可能會終身用甲狀腺素片(左甲狀腺素鈉片)替代治療。目前甲亢患者由于甲亢的并發癥，如心房顫動或心力衰竭等癥狀的出現，建議患者用藥物治療或碘-131治療，使甲亢恢復，甚至變成甲減，對身體的損害會進一步地降低。但是重度甲減對身體的損害也較嚴重，所以，應針對不同的患者，根據不同的情況進行診治。