扁桃體切除后不會再發炎，但咽喉部可能出現炎癥性變化，如咽炎等。扁桃體是咽部比較重要的淋巴器官，上呼吸道感染時扁桃體可以抵抗細菌的侵襲。細菌的感染與侵襲，可能會造成扁桃體發炎。扁桃體切除后，防御功能也會隨之消失，細菌也不再侵入扁桃體。若存在細菌，可能會導致咽部黏膜出現炎癥性變化，由此患者會出現急性咽喉炎的一系列癥狀，如吞咽痛、發燒等。切除扁桃體后人體并不會失去對細菌的抵抗能力，咽部有較多豐富的淋巴組織，可以擔負起免疫調節、抵抗細菌侵入的作用。