扁桃體切除術在臨床屬于常規手術，將扁桃體切除之后對身體及免疫系統沒有太大的影響。因為扁桃體雖然是外周免疫器官，但在成年后，扁桃體的免疫功能在全身的免疫系統中只發揮很少的作用。故成年后切除扁桃體的主要影響為在切除的局部可能會產生少量瘢痕，而在瘢痕收縮之后，可能會出現咽部不適感，但可以逐漸減輕。但在4歲以前，扁桃體除免疫功能外，還有抗原呈遞的作用，可以將接觸到的抗原呈遞給中樞免疫系統，產生相應的抗體，從而建立和完善全身免疫系統，所以此時一般不進行扁桃體的切除術。