一般消化系統腫瘤的標志物臨床上包括許多種，臨床上可以通過這些腫瘤標志物的異常變化來提示一些消化系統的腫瘤，并且也可以作為腫瘤病變發生、發展的一個監測指標。例如，癌胚抗原、糖類抗原72-4、糖類抗原19-9、糖類抗原12-5、甲胎蛋白、糖類抗原50或糖類抗原24-2等多項指標，臨床上都可以用于輔助診斷一些消化系統發生的腫瘤病變。無論是良性病變，還是惡性病變，一些消化系統的腫瘤患者臨床上可能都會出現一些腫瘤標志物異常。例如，很多胃癌患者會出現糖類抗原12-5、癌胚抗原、糖類抗原72-4的指標明顯高于正常值。當出現這種情況，一般會提示被檢測者進一步完善胃鏡等檢查。通過胃鏡中可疑組織的病理學檢查，可以確定導致這些腫瘤指標升高的具體原因。并且，一些已經確診的消化系統腫瘤患者，也可以通過監測一些特異性的腫瘤指標，來觀察患者的病情發展情況。