肝母細胞瘤大概可以分4個危險度，包括極低危、低危、中危和高危，其中高危是相對比較晚期。在術前的PRETEXT分期中Ⅳ期的患者通常定義為高危，即肝臟的4個葉全部受累，全部長有腫瘤、原發灶、轉移瘤，或肝門的整個血管全部受累。美國的腫瘤組織分組中，將腫瘤不能切除，且有遠處轉移包括肺轉移、骨轉移、腦轉移等肝外的其它地方轉移，定義為晚期或Ⅳ期。此外若腫瘤侵犯了門靜脈、下腔靜脈、肝靜脈等主要的肝臟血管，也定義為晚期。目前臨床上將甲胎蛋白低于100ug/L的情況，也定義為相對預后不良的因素，但在新的臨床試驗中認為甲胎蛋白低于100ug/L時，如果能完整切除腫瘤，也不一定要定義是晚期，所以未來的分期可能有些變化。