根尖膿腫如果未進行徹底治療，可能會變成根尖瘺管。瘺管可能發展為面部皮膚瘺管、骨組織囊腫破壞、骨髓炎、間隙感染，嚴重者在面部、頸部、上頜竇均引起感染。所以，根尖膿腫需做徹底根管治療，否則造成骨壞死、蜂窩織炎、間隙感染、面瘺、面頰瘺、皮瘺。 如果出現上述并發癥，臨床治療較復雜，需早發現，早治療。在早期進行牙髓徹底根管治療，防止病情發展較嚴重，且后期治療較困難，醫療費用較高。