經顱磁的治療是通過一個無創性的治療探頭，刺激大腦的某個區域出現改變，通過磁場的作用可以改變大腦細胞的活性或者穩定性。同時經顱磁治療可以通過刺激的作用，反復刺激以后改變大腦神經遞質的分布，可以讓興奮性神經遞質，包括谷氨酸等水平有所平穩，異質性神經遞質的水平有所上升，使神經遞質達到平衡狀態。所以經過經顱磁的刺激作用以后，可以治療癲癇，也可以治療小孩的抽動癥。還可以作用于部分神經衰弱的患者。因為此治療具有安神的作用，可以改善睡眠，也可以治療失眠。同時還可以治療情緒問題，包括抑郁癥、強迫癥等。通過經顱磁刺激的治療，使機體神經遞質處于穩定狀態，可以促進5-羥色胺的分泌，可以治療抑郁癥進而改善情緒。且經顱磁的治療對大腦的清醒程度會有所改善，具有激勵或者保健的作用。所以經顱磁刺激是通過神經遞質的重新分布和平衡，而達到靜腦的作用。