目前研究未發現核磁共振檢查會對人體產生傷害，但該檢查有以下禁忌證： 1、絕對禁忌證：身體內有固定的金屬異物，如體內裝有心臟起搏器、動脈瘤夾、人工心臟瓣膜以及其他固定金屬裝置，不可進行核磁共振檢查。體內有可活動的金屬異物，如避孕環、金屬假牙等，在做磁共振之前也一定要做取出，因為金屬東西一旦進入磁共振機房，很可能會被磁鐵強力吸走，導致機房內人和設備的損傷； 2、相對禁忌證：如果患者身體內有其它不可去除的金屬異物，如人工關節、假牙、支架等，但由于疾病必須要做磁共振檢查，則需要嚴密觀察上述金屬在強大磁場中移動是否會損傷鄰近大血管和重要組織，如果會對造成嚴重后果，也屬于禁忌證。 在磁共振運行過程中會產生大量噪音，可能會對聽力有一定影響，故在檢查中會給患者戴上耳塞。另外，在磁共振檢查中還會產生一定熱量，故發熱患者或年齡較小的患者有時會出汗。對于有身孕或者有幽閉恐懼癥的患者，不建議進行磁共振檢查。