核磁共振檢查技術現在正式命名為磁共振成像檢查，因為"核"字可能會使患者產生恐懼感，實際磁共振檢查與核輻射無關。醫生不認為磁共振檢查對人體有較大危害，但檢查需發射一定射頻脈沖到患者機體，可能會出現對身體的加熱、神經刺激作用等。美國對射頻能量有一定限制，照射人體時通過機器計算控制，若發熱作用機器會自動停止掃描，屬于臨床保護機制。通常在醫療上應用磁共振無害，但物理學能量作用對身體會產生潛在影響，而對于人體健康無影響，但無疾病時仍建議患者盡量避免檢查。此外，醫學存在規定懷孕3個月內孕婦應盡量避免磁共振檢查，考慮到懷孕早期胎兒在生長發育階段，以免發生意外事件。