CT與核磁共振在不同的方面各有優勢。比如核磁共振，在腦、椎間盤、脊柱、生殖系統、骨關節系統的優勢非常大。CT雖然也有長處，總體不如磁共振。但是CT在胸部的優勢比較大，尤其看肺部病變，CT可以看到肺癌，癥狀前期2-3年甚至更長時間，而核磁共振在肺上基本上沒有作為。還有長期生活在空氣嚴重污染的城市，建議45歲以上的人每兩年檢查一次胸部，腹部、肝、膽、胰、脾、腎和消化道，通常情況下建議CT檢查更好、更快、更準。磁共振雖然也有長項，但是相對而言沒有太大優勢，一般不推薦做磁共振。