乙肝大三陽可以得到有效控制，但較難治愈，主要是因為乙肝病毒感染后會隱藏于肝細胞內，清除比較困難。乙肝大三陽一般提示乙肝病毒復制率較高、傳染性較強，此時容易激發機體免疫清除過程，如果免疫清除能完整清除乙肝病毒，便可能達到治愈目的。但因為乙肝病毒隱藏較深，所以免疫清除完全清除乙肝病毒的概率較低。在免疫清除過程中，同樣會造成肝細胞損害、轉氨酶異常，而長期肝細胞損害易導致肝臟異常纖維、異常結節增生，從而形成肝纖維化、肝硬化，導致肝臟異常疾病。此時需進一步給予抗病毒、保肝的藥物治療，壓制乙肝病毒復制率。當乙肝病毒復制率被壓制后，更難激發機體免疫清除過程，也就更難達到治愈目的。