幽門螺桿菌可以通過胃鏡診斷。胃鏡檢查時，如果需要檢查幽門螺桿菌，往往有兩種方法。在胃鏡下進行標本的取材，做快速尿素酶試驗，是指把標本放到白色的小紙片上觀察一段時間，如果紙片變色，提示有幽門螺桿菌感染，又稱為快速尿素酶試驗。另外一種方法，是把胃鏡下取材的標本染色后在顯微鏡下觀察有沒有小的、彎曲的、桿狀的幽門螺桿菌形態存在，如果顯微鏡下發現上述形態，可以診斷有幽門螺桿菌感染。 還有一種方法，要求比較高，可以在胃鏡下明確幽門螺桿菌，但往往用在科研時，也是在取材后進行特殊環境下的幽門螺桿菌培養，可以明確有無幽門螺桿菌存在。