肛周膿腫一般不會自愈，它與肛旁的癤腫有很大區別。肛周膿腫發作的源頭是在直腸下段肛腺的位置，在肛門內感染后沿肌間隙和各個組織間隙蔓延到外邊。所以肛周膿腫有原發的內口，如果內口不處理，是不能自愈的。而肛周的癤腫是局部的疾病，破潰流膿且腫痛消退后，通常能達到自愈。 肛周膿腫建議早期治療，如果想達到根治的目的，則必須要做手術。建議有條件的患者做一次性的切開根治術，可減少患者的病程及痛苦。