在臨床上肛周膿腫自愈的患者比較少，臨床統計兒科大概只有25%左右的患者能夠自愈。一般需要20-30天，因人而異，每個人的情況不同，肛周膿腫自愈的時間也有所不同。即使肛周膿腫自愈以后，在自愈以后3個月內還需要再觀察是否復發，有部分肛周膿腫的自愈僅是表面自愈，過一段時間還會再次出現。肛周膿腫患者的大便一定要管理好，有部分肛周膿腫其實不是一個單純的肛周膿腫，有時還合并肛瘺。如果大便比較稀通過瘺管又會出現肛周膿腫，肛周膿腫和肛瘺可以相互轉化。