嬰兒肛周膿腫基本不會自愈，很少有自愈的情況，臨床上自愈的可能性在10%左右，即10個人小紅最多有1個人自愈，肛周膿腫較早期，家屬發現以后用藥物促進消炎、血液循環，利于肛周膿腫的消散。肛周膿腫自愈的時間基本無法估計，臨床多見于肛周膿腫已經化膿、紅腫，局部已有波動感，比較軟，此時不會自愈。但有時會自行破潰，膿會伴隨破潰處流出，部分患者認為膿出以后即可愈合，但破潰的孔洞較小，只有部分或少量膿液可以排出，不會全部排出，此時仍需要到醫院找醫生做切口，通暢引流，切開引流以后，需要1個月左右換藥才會愈合。