對于巨乳頭性結膜炎，主要是針對病因進行治療。本病是由于細菌、病毒感染，或者配戴隱形眼鏡等所造成的過度變應反應所引起，臨床上可以應用抗細菌、抗病毒的藥物進行治療。 對于變態反應敏感的患者，可以應用激素抑制超敏反應。但是在應用激素的過程中，應使用濃度較低的、副作用較小的激素。尤其是對于兒童，因為激素可能會造成患兒眼壓升高，所以一定要在醫生的指導下應用，且應避免長期使用。隨時進行復查、監測眼壓，避免發生不良的并發癥。