腘窩囊腫手術風險較小，患者無需過度擔心。腘窩囊腫手術需要進入腘窩結構，腘窩內存在重要的血管、神經，所以腘窩手術存在一定風險。 但進行腘窩囊腫切除手術時，如果手術醫生能夠小心翼翼地避開重要的血管、神經，腘窩囊腫的手術風險較低。腘窩囊腫位置相對較淺，位于皮下，術中沿囊腫壁周圍進行剝離則可以將腘窩囊腫完整予以切除，同時不損傷血管、神經。