腘窩囊腫術后疼痛一般較輕，不會很痛，患者無需過于擔心。目前腘窩囊腫手術分為兩種方法，包括傳統切開手術以及關節鏡下腘窩囊腫切除。傳統切除手術造成的切口較大，可以達到6-8cm。但腘窩囊腫位置較為表淺，沒有涉及到關節內部，所以將皮膚切開以后進行皮下分離，基本可以切除腘窩囊腫。手術以后疼痛僅限于皮膚切口，而皮膚切口疼痛程度一般較輕，大部分患者可以耐受，不會產生明顯不適。 關節鏡下腘窩囊腫切除術造成的切口較小，一般通過2-3個0.5cm左右的切口，即可完成腘窩囊腫切除。不但不會進入關節引起深部疼痛，小切口導致的疼痛基本可以忽略。