一般腘窩囊腫＞5cm后，惡變概率會增加，建議＞5cm的腘窩囊腫進行手術。腘窩囊腫4cm時可以手術，也可以觀察一段時間，具體根據患者自身情況。例如是否疼痛、是否影響工作，以及手術時機是否較好等情況而定。如果患者時間緊張而且囊腫不痛不癢，可以再繼續觀察一段時間。但一般超過5cm及以上，建議盡早手術治療。