非典型川崎病的危害最主要即由于非典型，通常導致其疾病診斷時間延遲，從而不能及時用藥，進而使心臟冠狀動脈瘤的發生率顯著增高。若不能夠及時診治，出現冠狀動脈瘤的發生率要高于典型川崎病。由于其癥狀不典型，沒有顯著的皮疹、眼睛紅、手足硬腫、楊梅舌等表現，只有發熱或其他系統表現，淋巴結腫大，沒有典型表現，導致疾病診斷比較晚。典型川崎病應該在7-10天內用丙球治療加大劑量阿司匹林以后，才能夠預防出現嚴重的冠狀動脈損害。而非典型川崎病很容易使疾病1周以上，甚至10天后才明確診斷，容易導致用藥延遲。用藥延遲以后會導致冠狀動脈瘤的幾率顯著提高，由5%提高到30%左右，心血管并發癥的可能性顯著提高，導致以后出現冠狀動脈狹窄、心肌缺血、心肌梗死的幾率顯著增高，終生需要服用藥物。非典型川崎病的危害較大，在臨床上學會識別非典型川崎病非常重要。有的川崎病突出的癥狀可能不是發熱、皮疹、眼睛紅、口唇干燥、皸裂、楊梅舌等，而可能是以面神經炎為主，以腎病綜合征、抽風為主要表現。此類川崎病的診斷必須由非常有經驗的醫師進行，提高對非典型川崎病的認識，以減少其危害非常重要。