非典型川崎病如果合并嚴重并發癥，屬于比較嚴重。非典型川崎病如果合并川崎病休克綜合征，或后期出現嚴重冠狀動脈病變，比如冠狀動脈瘤或冠狀動脈血栓形成、心肌梗死、心力衰竭。部分非典型川崎病的患兒炎癥反應比較劇烈，出現巨噬細胞活化綜合征、川崎病休克綜合征等嚴重并發癥，則不典型川崎病比較嚴重。臨床中需要早期進行識別和鑒別，及早診斷，給予川崎病正規治療，盡量減少嚴重并發癥出現，同時降低心血管合并癥。早期進行正確、及時、有效治療，可以改善非典型川崎病患兒預后、提高生活質量。