胰腺囊腫手術風險與病人原發病嚴重程度、手術創傷大小、手術復雜程度、病人全身狀態相關。比如胰腺假性囊腫，在急性胰腺炎或胰腺外傷早期，最好選擇胰腺囊腫穿刺置管引流手術。由于創傷小，操作簡單，風險小；如果病期半年以上且超過5cm假性囊腫可能與主胰管相通，很難自行吸收，適合行囊腫空腸Roux-en-Y吻合或胃囊腫吻合手術；如果采取穿刺置管引流，雖降低手術風險，但能造成疾病長期不愈；另外位于胰頭部較大真性胰腺囊腫，有潛在癌變風險，應行胰頭十二指腸切除手術。由于手術復雜，風險也相應較大，但術前充分準備且由成熟專業團隊實施，也可獲得理想手術效果。 從這個角度而言，針對不同性質胰腺囊腫，只有最合適的手術方法，而沒有所謂風險大小手術。成功手術取決于成熟專業團隊圍術期精心準備和治療，以及醫患之間相互充分理解和溝通。