兒童甲狀舌管囊腫手術是相對較小的手術，由于甲狀舌管囊腫位于舌骨的下方、甲狀軟骨的上方，在中線處，此處并無重要的器官、血管、神經等解剖結構，所以手術不會造成較大風險。該項手術的風險是甲狀舌管蒂部未完全切除干凈，會導致囊腫反復發作以及囊液漏出。由于手術在頸部進行，若囊腫不大，則切口與創傷均較小，但由于手術中需切掉部分舌骨，所以患者在術后吞咽時舌骨上下肌群活動會導致疼痛的出現，且疼痛會持續1周左右。因此，兒童甲狀舌管囊腫手術不屬于大手術，手術時間較短、出血較少且風險較小，關鍵是要切除干凈，從而防止復發。