賴氨酸作為治療藥物，如果有疾病治療需要，可在醫生指導下長期服用。臨床常使用鹽酸賴氨酸，劑型包括賴氨酸片劑、賴氨酸顆粒等口服劑型。鹽酸賴氨酸片主要用于賴氨酸缺乏引起的食欲不振、營養不良等。兒童可使用小兒鹽酸賴氨酸顆粒，可用作兒童疾病恢復期的營養劑。如果需要補充賴氨酸，可在醫生指導下較長時期服用。但需注意長期用藥需有明確適應證，且要定期加強監測。如果長期使用賴氨酸，既可以單獨使用，也可以和維生素、無機鹽以及其他人體必需氨基酸混合使用。作為氨基酸類藥物，還可用于顱腦外傷、慢性腦組織缺血、缺氧性腦病等，可起到保護劑的作用，故賴氨酸臨床使用相對較安全。