磁共振可以檢查胃腸，但很少應用。磁共振可能用于糞便的排泄實驗，腸道里打造影劑后，在磁共振下看腸壁的蠕動形態。但檢查腸胃最常見的為腸胃、腸鏡、胃鏡、結腸鏡、小腸鏡、膠囊內鏡等。內鏡檢查能直觀的觀察胃壁、腸壁的形態結構，包括有沒有息肉、腫物、潰瘍、癌腫等。而且不僅能夠進行檢查、觀察，還能進行內鏡下的活檢、出血治療、腫物切除、黏膜剝離、放置支架等。這些磁共振都不能代替，包括造影檢查也不能代替內鏡。目前隨著醫療技術的發展，腸胃鏡還能做超聲檢查、穿刺等。有很多外科手術都被內鏡操作所代替，越來越向精細醫療、精準醫療、微創醫療上發展。所以磁共振主要應用實質臟器的檢查，空腔臟器的應用比較少。