奧利司他減肥藥主要通過抑制脂肪吸收而發揮減肥效果，使用過程中的副作用，主要和藥理學作用有一定的相關性。主要的副作用表現在胃腸道，患者可能會出現胃腸道排氣增多、脹氣增多，也可能會出現腹瀉、脂肪瀉及油性斑點大便。這些胃腸道反應主要發生于用藥初期，比較輕且大多數一過性，患者可以通過改變膳食結構來減少副作用的發生，比如可以減少脂肪攝入。減少脂肪攝入之后，糞便中的脂肪、胃腸道內的脂肪也會有所減少，一方面有利于臨床治療，另一方面也有利于減少奧利司他所導致的不良反應。