根據胃腸道間質瘤的位置及腫瘤大小不同，其癥狀有所差異： 1、胃間質瘤：如果腫瘤較小，癥狀不明顯，僅表現為便潛血陽性；隨著腫瘤的增大，出現上腹部隱痛及不完全或完全性梗阻等癥狀； 2、小腸或結腸間質瘤：當腫瘤生長到一定程度時，可引起便血陽性及胃腸道的梗阻等癥狀； 3、胃腸道間質瘤晚期：出現血行轉移，如轉移到肝臟，可出現肝臟的轉移灶占位性癥狀，患者出現右上腹疼痛，部分患者晚期出現腫瘤消耗癥狀。