胃腸道間質瘤是胃腸道常見腫瘤，早期可無明顯癥狀或癥狀不明顯，出現輕微消化不良，惡心、腹痛、反胃等。通常可能無意進行CT檢查、胃鏡檢查時，發現胃外周、胃壁間、胃腔內息肉樣腫塊。但間質瘤后期、晚期可以發生缺血、潰瘍、壞死、破裂。如果破到胃腔，可表現胃出血、黑便、血便、惡心、嘔吐、嘔血、休克。如果腫瘤長胃外表，發生破潰，可以發生出血，表現腹痛、腹脹、休克、貧血等癥狀。 胃鏡檢查可在胃腔、胃黏膜下發現腫塊、隆起，黏膜可有破潰、潰瘍。如果胃外腔，胃鏡表現外壓性腫塊，CT可表現胃壁腫塊，腫塊可大、可小，可表現分葉狀或球形，甚至邊上臟器擠壓、侵犯粘連。如果腫瘤破潰，可出現腹腔積液、梗阻、種植轉移灶結節。